Java SE 6 (11 de diciembre de 2006)

Con el pseudónimo Mustangue, en esta versión Sun sustituye el nombre “J2SE” y removió el “.0” del número de la versión. Esta versión fue desarrollada en la JSR 270.

• Soporte el lenguaje de script (JSR 223): Una API genérica para integración con lenguajes scripts y fue incorporada la integración con Mozilla JavaScript Rhino.
• Soporte a Web Service através de JAX-WS (JSR 224)
• JDBC 4.0 (JSR 221).
• Java Compiler API (JSR 199): una API para permitir llamar la compilación programando
• JAXB 2.0
• Mejoras en las Annotations (JSR 269)
• Mejoras en la GUI, como SwingWorker, tabla filtrada y ordenada
• Mejoras en la JVM incluyendo: sincronización e optimizaciones del compilador
• Mejoras en el algoritmo del Garbage Collector.